　本病はリンゴ樹の根部が侵されて枯死に至る病害であり、宿主と寄生菌との関係の他に土壌という要因が加味されるため難防除病害の一つとなっている。とくに本病菌は地中深く生息できるため、これまで様々な試験研究が実施されてきたが、薬剤による防除法はいずれも決定的な防除法とはなっていない。従って本病に対する薬剤防除はあくまでも応急的な対策と考えるべきである。

　新植や改植時の薬剤による土壌消毒は、クロールピクリンでは１つの穴に5～10mlを深さ15cmの位置に灌注処理し、その後注入穴は土で塞ぐ。またバスアミド微粒剤やガスタード微粒剤では夏期～秋期に50～100g／㎡をほ場に散布し、ロータリー耕耘などで軽く均一に土壌混和処理したのち、いずれもポリフィルムで覆い３週間以上保持する。その後覆いを取り、十分ガス抜きをして１週間以上経過後、ガスが抜けたことを確認した後に植え付ける。なお、植え付ける苗木についてはフロンサイドSC500倍液に20分間根部浸漬してから植え付けるようにする。　

　生育中の樹に対しては、。罹病樹の樹冠下の周囲の根を露出させて掘り起こし、罹病根を残さないように取り除き、薬剤はフロンサイドSC500倍50～100?／樹やリゾレックス水和剤1,000倍40?／樹を灌注しながらを掘り起こした土壌で埋め戻すようにする。薬剤処理後の1年は着果負担軽減のため全摘果とし、処理3年後までは着果量を半分以下にするとともに、強せん定を控えるなど樹勢回復に努めるようにすると防除効果を実感できる。なお、埋め戻す際に土壌改良を目的にハイフミンハイブリッドG(日本肥糧(株)製）を、わい性台木の場合5kg以上/樹を同時に施用すると根の発根促進が助長される。また、堆肥施用の場合は未熟なオガクズやバーク堆肥、未分解の枝などを多く含むCN比の値の高い堆肥は病原菌を繁殖させる原因となるので施用を避けること。